Развал Советского Союза вызвал мощные миграционные потоки между бывшими республиками Союза. Для регулирования этих потоков была создана специальная служба – Федеральная миграционная служба. Она должна была взять под контроль передвижение людей через границы России. В Россию, в основном, шли два потока. Переселенцы, возвращающиеся на Родину. Им надо было предоставить условия для первоначального обустройства и дальнейшего проживания в России.
  Второй поток -  это поток мигрантов, едущих зарабатывать в Россию. Их надо было зарегистрировать, удостовериться, что у них есть работодатель и условия для проживания. В первоначальный период возникало очень много вопросов по трудоустройству и регистрации трудовых мигрантов. Но, постепенно, процесс наладился.
 Большие преобразования происходили и с самой миграционной службой. Сначала служба была преобразована в Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики Российской Федерации. Затем  на базе этого Министерства и бывшей Службы было создано было создано соответствующее Министерство. Затем функции миграционной службы были переданы в Министерство внутренних дел. Но, дальнейшие преобразования привели к тому, что была воссоздана самостоятельная Федеральная миграционная служба. В нее вошли подразделения по делам миграции МВД и региональных управлений, и подразделения паспортно-визовой службы.
 Основное направление работы ФМС – это защита рынка труда от наплыва гастарбайтеров. Дешевая рабочая сила из бывших стран Союза искажает рынок труда, занижает заработные платы для работника, и , как следствие, ведет к недоплатам в социальные фонды. Это серьезная проблема, и бороться с ней очень непросто.
Для улучшения миграционного климата между бывшими республиками, созданы филиалы ФМС, во всех бывших республиках, кроме прибалтийских республик. Это поможет нормализовать ситуацию с трудовой миграцией в Россию.   
 Кроме того, Федеральная миграционная служба провела большую работу по замене старых советских паспортов на новые российские паспорта. Более шести миллионов человек получили российские паспорта через службу ФМС.